Dopiero dzień przed śmiercią wydał oświadczenie, w którym poinformował świat o swojej chorobie. Freddie Mercury zmarł w swoim domu Garden Lodge w Londynie 24 listopada 1991 o godzinie 19:20 na grzybicze zapalenie płuc. Choroba była związana z brakiem odporności, spowodowanym przez AIDS. Miał 45 lat.

Podczas pogrzebu, który odbył się trzy dni po śmierci, odtworzono utwory Arethy Franklin You’ve Got a Friend i arię D’amor sull’ali rosee w wykonaniu Montserrat Caballé, pochodzącą z opery Trubadur Verdiego. Ceremonia miała charakter prywatny, uczestniczyło w niej 35 osób (rodzina, pozostali członkowie Queen, Elton John i najbliżsi przyjaciele artysty), trwała ok. 25 minut i odbyła się zgodnie z zasadami zaratusztrianizmu.